Raja Ampat można podzielić na trzy główne obszary: Misool na południu, cieśninę Dampier w centrum oraz wyspy Wayag i Kawe na północy. Odkąd w latach 80-tych i 90-tych naukowcy rozpoczęli badania w tym obszarze, stało się jasne, że liczba występujących tu różnych gatunków jest niezwykła. Jego położenie na bardzo dalekim północnym krańcu archipelagu indonezyjskiego, dokładnie tam, gdzie masywny strumień ciepłej wody z Pacyfiku wpływa do archipelagu, wraz z jego topografią i historią geologiczną, uczyniły Raja Ampat idealnym miejscem lęgowym dla zdumiewającej liczby gatunków. Safari po wodach okalających archipelag przypomina bajkę. Widoki, krajobrazy przyprawiają o zawór głowy. Wysepki porośnięte bujną zielenią, urwiska, namorzyny, odgłosy ptaków i przelatujące nad głowami nietoperze tworzą magiczną aurę. Od 2013 roku całe 46 000 kilometrów kwadratowych Raja Ampat jest rezerwatem rekinów. Oznacza to, że podczas nurkowania w tym regionie można zobaczyć naprawdę sporą rzeszę. Zobaczymy tu rekiny czarnopłetwe,
białopłetwe i szare rekiny rafowe. Ale gatunkiem o którym trzeba wspomnieć jest rekin dywanowy – Wobbegong. Jest to gatunek o spłaszczonym ciele z szeroką i płaską głową. Fałdy skórne po obu stronach otworu gębowego tworzą charakterystyczną „bródkę”. Rekin dywanowy to jeden z najrzadziej spotykanych rekinów i mierzy ok 3 m długości. Jest on daleki od potężnego, budzącego strach, torpedowego obrazu, jaki mamy z większością rekinów. Ten ozdobny rekin ma płaski korpus, który jest dobrze zakamuflowany z szerokimi plamami kolorów pasującymi do otaczającej go rafy. Drugim gatunkiem rekina godnym wyróżnienia jest „epaulette shark” , bardziej znany jako „walking shark”. Jest to rekin który wykorzystuje swoje płetwy brzuszne do „czołgania się” po dnie, co wcale nie oznacza, że nie potrafi pływać! Dla pasjonatów podwodnej fotografii pomocną informację będzie fakt, że nurkowania typu macro lub muck („muck” charakteryzuje się płytszymi zanurzeniami i spędzaniem czasu na piaszczystym dnie, gdzie zabawa polega na odnajdywaniu skrywających się przedziwnych stworzeń) – sprawdzą się idealnie w tej części Indonezji. Pygmy seahorses (koniki morskie), Ghost pipefishes czy powalająca ilość gatunków ślimaków nagoskrzelnych to gratka dla fanów makrofotografii. Karłowate koniki morskie są prawdopodobnie najmniejszymi gatunkami typu „makro”, jakie można znaleźć na Raja Ampat i rzeczywiście tak jest bo mierzyły ok 0,5 cm na 1,5 centymetrów. Ostatnim gatunkiem którego nie można pominąć ani nie zobaczyć podczas nurkowania w Papui Zachodniej – jest manta. Jednym z najsłynniejszym miejsc na spotkanie z tymi łagodnymi olbrzymami jest „Manta Sandy” . Ogromne, majestatyczne, latające….
Północna część Raja Ampat, a zwłaszcza rejon Wayag, uznawana jest za jedno z najbardziej niezwykłych miejsc nurkowych na świecie. To właśnie tutaj znajdują się słynne wapienne wysepki wyrastające z krystalicznie czystych, turkusowych wód, tworząc krajobraz, który stał się symbolem całego Raja Ampat. Ze względu na swoje położenie z dala od głównych szlaków turystycznych, Wayag zachował niemal dziewiczy charakter, a podwodny świat zachwyca niespotykaną różnorodnością życia morskiego i doskonale zachowanymi rafami koralowymi. To obszar słynący z mant, rekinów rafowych, wobbegongów (endemicznych „chodzących rekinów”), ogromnych ławic barakud, lucjanów, sweetlipsów i tuńczyków. Rafy pokrywają gęste korale twarde i miękkie, a wśród nich można znaleźć także koniki morskie pygmejskie, ghost pipefishe i liczne ślimaki nagoskrzelne.
Najbardziej znanym miejscem nurkowym północnego Raja Ampat jest Eagle Rock przy wyspie Kawe. To wizytówka regionu i główna stacja czyszczenia mant rafowych na północy archipelagu. Nurkowanie odbywa się wokół trzech skalistych wysepek porośniętych wachlarzami gorgonii, gdzie przy odpowiednim prądzie regularnie obserwuje się manty, rekiny rafowe, wobbegongi, barakudy i ogromne ławice ryb. Wielu nurków uważa to miejsce za obowiązkowy punkt każdej wyprawy do Wayag. Drugim klasykiem jest Black Rock, znane z imponujących skupisk ryb i spektakularnych koralowych pinnakli. W toni spotkać można wielkie ławice fusilierów, jacków, snapperów i batfishów, a przy odrobinie szczęścia również manty oraz żółwie. To jedno z tych miejsc, gdzie podczas całego nurkowania ma się wrażenie przebywania wewnątrz ogromnej, żywej chmury ryb.
Cape Kri to kolejne niezwykłe miejsce na Raja Ampat. Życie podwodne w tym regionie jest bardzo zróżnicowane. Podczas jednego nurkowania można zobaczyć setki przepięknych gatunków ryb oraz koralowców. Z tego powodu większość nurków z ochotą wraca w tę lokalizację i za każdym razem dziwi się, kiedy podwodny świat wygląda zupełnie inaczej niż za pierwszym razem. W okolicach Cape Kri trudno trafić dwa razy na te same ryby. Dlatego każdy, kto tu zanurkuje, zyskuje pewność, że jest to jedyna okazja, aby podziwiać to, co go otacza.
